Ar tonelico 的故事发生在 Sol Ciel 地区，一座巨大的高塔之上，这座高塔耸立于致命的等离子海之上，而那片等离子海在数个世纪前的灾难中吞噬了地表世界。这也是该系列名称的由来：Ar tonelico 就是那座塔的名字。除了人类之外，这座塔还是一种名为 Reyvateils 的类人人工生命体的家园，她们能够通过唱歌与塔交流以施展魔法。
故事从 Platina 城开始，当时被称为 Viruses 的敌对生物爆发了。主角，一位名叫 Lyner Barsett 的 Knight of Elemia，与同为骑士的 絢胤(Ayatane) 以及塔的管理员 Shurelia 一起去调查。不幸的是，他们很快发现 Viruses 能够变成无形状态，使得普通的击败方法成为不可能。因此，Shurelia 派 Lyner 去寻找唯一能帮助他们的东西：Hymn Crystal Purger。他乘坐飞艇，向下前往环绕着塔的浮空大陆 Wings of Horus。更准确地说，由于龙的攻击，他坠毁了，这让事情变得极其复杂。
在寻找水晶和修复飞艇方法的过程中，他遇到了一些人并与他们组队，其中包括两名 Reyvateils。首先是害羞的 Aurica，她在坠机后治愈了他的伤势。其次是更为直言不讳的 弥纱(Misha)，实际上是他被遗忘的青梅竹马。但有一个问题——弥纱看起来比她应有的年龄小得多。除了这两人之外，还有流浪者 杰克(Jack)、当地教会的骑士 Radolf，以及飞艇的格拉斯梅尔德工匠 克鲁榭(Krusche)。随着故事的进展，Lyner 和他的同伴们不仅试图寻找 Hymn Crystal 并修复 Lyner 的飞艇，还发现了弥纱外表年轻的原因，以及最近 Viruses 爆发的源头。