隶属于名为“巫女部”这个与众不同的社团的主人公。某天，试着抚摸捡到的稻荷像后，长着狐狸耳朵和尾巴的女孩出现了。她自称是“巫女神”的美咲(ミサキ)。
在主人公等人面前突然出现的既是失忆又是迷路儿童的巫女神，只知道自己的名字和自己是巫女神这件事。根据圆(まどか)的提议，让她作为主人公的亲戚编入班级，但由于没有合适的尺寸，被穿上了和藍一样的第一学部的制服。虽然长着尾巴和兽耳，但能自由隐藏。为了防止她逐渐衰弱，巫女部决定进行某项仪式
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