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并不遥远的未来。
　比现在稍微发达一些的赛博技术的未来。
　住在贫民窟的如月士郎，是拥有特别力量的人类。
　知道那个力量的只有政府的一部分人。
　特别的力量，是将数字对象在现实中立体化的力量
　トポロジカルゴースト。
　通称TG。
　TG是政府极秘密推进的研究之一，
　士郎与姐姐的亜希，以及弟弟的仁三人作为那个研究的
　实验体协助着实验。
　但是，由于研究中的事故项目被中断，
　姐姐卷入事故死亡，仁也在事故后，下落不明。
　从研究设施中被释放的士郎，
　在贫民窟过起了自甘堕落的生活。
　那样的某一天，突然遇到与姐姐相似少女的士郎，
　被卷入了新的事件中……。