『最後の千羽鶴』是关于友情与爱情的视觉小说。主人公村上勇気患上了脑肿瘤，经历了长年无效的治疗后，打算回到故乡，履行与儿时玩伴西村紗希重逢的最后约定。然而，那并没有他想象的那么简单。
紗希已经不住在以前的地方了，谁也不知道她搬去了哪里。村上勇気只记得紗希曾说过想去清水高校。于是他和义妹メアリー，以及新邻居永田千尋一起踏上了寻找紗希的旅程。最终他们在清水高校遇到了一个看起来和西村紗希非常像的人气女孩，藤本明日香。
村上勇気曾一度怀疑明日香就是改名后的紗希，但出乎意料的是明日香对他很冷淡，并不承认自己是紗希。她真的只是长得像紗希吗。在他的人生即将结束之时，村上勇気真的能找到他曾经的青梅竹马，西村紗希吗。