故事开始于第二次世界大战末期，法国西北部沿海地区。
自由法国军队所属的青年士兵罗兰（ロラン）与挚友奥利维耶（オリヴィエ），为了解放祖国而参加了诺曼底登陆作战。但在黎明时分突袭敌方据点的空降任务中，他们乘坐的运输机暴露在猛烈的防空炮火之下，被迫在距离预定降落地点很远的费康市郊外森林中强行降落。
与所属部队走散、在夜之森林中徘徊的他们，遭到了从浓雾中突然出现的骑马军团的袭击——那是一群由身披漆黑裙装的女骑士爱德华达（エドワルダ）率领的、如幽灵般模样的中世纪骑士。罗兰下意识地保护了挚友，身受重伤失去意识——
他再次恢复意识时，是在寂静森林中的泉水畔。照顾倒下的他的，是一位楚楚可怜的少女。本应身受重伤的罗兰，伤口却像什么事都没发生过一样痊愈了。
那次骑马袭击是梦中的事吗——他心想，但并非如此。
他醒来的地方，是被无尽浓雾笼罩的另一个世界——在这片土地上不断重复的战乱，以及流淌的无数鲜血汇聚成的血泊中摇曳的异形世界。
而救了他的少女，正是被漫长战火历史囚禁的“时间的囚徒”，命运之少女贞德。
当青年与少女相遇之时，钟楼打破了长久的沉默，再次开始记录时间。
那座随着时光流转不断转移的不可思议的钟楼，将少女贞德与青年士兵罗兰，引向了横亘着无数罪苦的异形世界之旅——
