Jail事件——曾经，喰种Jail犯下了大量屠杀搜查官的罪行。但几乎没有目击者，没有人知道他的真实面貌。喰种青年Rio作为Jail事件的嫌疑人之一，被诬陷犯下该罪行并关押在Cochlea。
金木 研被Aogiri Tree绑架。在他们的11区基地遭受严酷拷问时，金木 研最终接受了自己是喰种的事实，开始追求力量。
与此同时，Anteiku、Aogiri Tree和CCG正在进行三方混战。金木 研与Anteiku的同伴们一起躲避Aogiri，最终CCG铲除了Aogiri的11区基地。
战斗结束后，金木 研离开了Anteiku，与Tsukiyama、万丈 数壱等人一起追寻导致他变成喰种的线索。
与此同时，Cochlea在11区战斗的掩护下，遭到了似乎是Aogiri精锐部队的喰种袭击。邪恶的喰种囚犯再次被释放到世界上。趁着混乱，Rio成功逃出了Cochlea。尽管他已经精疲力竭，但在镇上徘徊时，他在Anteiku受到了热烈的欢迎。为了证明自己的清白，Rio正在寻找导致他被囚禁的Jail的线索。
Rio掌握了一些关于Jail的情报，决定前往他认为是Jail地盘的区。在那里，他遇到了正在吞噬强大喰种并寻求变得更强的金木 研。因为有着追捕Jail的共同目标，他们决定一起行动。Jail究竟是谁？
遭遇悲剧的喰种Rio和金木 研的命运，交汇向一个全新的结局。
