希望ヶ峰学園是一所政府资助的私立高中，被全国公认为希望与繁荣的摇篮，为各种类型的“超高校级”学生提供全面的教育。
多亏了全国抽选，一名极其幸运但除此之外十分普通的学生——苗木 誠（Makoto Naegi）——被选中进入这所声名显赫的学校。
但是当苗木第一天来上课时，他突然失去了意识，当他醒来时，发现自己身处学校的一间教室里——窗户被铁条封住，门也上了锁。当他探索废弃、肮脏的走廊时，很明显有些事情非常不对劲。他和他的新同学们来到了体育馆，在那里，一只疯狂的机器熊自称黑白熊（Monokuma），并声称自己是这所学校的校长，他宣布：“从现在起，你们都要住在这里。如果想要重获自由，你们唯一的选择……就是杀人。”
就这样……从全国各地聚集而来的十五名高中生被囚禁了。他们的力量、他们的信念、他们的人性将一次又一次地受到考验。为什么他们必须在这些学级裁判中互相冲突？谁是这一切的幕后黑手？这个神秘人物真正的目的是什么？与那个被称为“绝望”的、逼近且无形的敌人的战斗即将开始……
