《战女神ZERO》的故事之后300年，造访雷斯佩伦特地方的弑神者塞利卡·席路菲尔(セリカ・シルフィル)在那片土地上爆发的幻燐战争期间相遇的王女艾库莉亚·泰修奥斯(エクリア・テシュオス)身上感受到了命运般的羁绊，陪伴着因这场战争中的罪过而被祖国卡尔夏(カルッシャ)流放的她，踏上了南下穿越玛塔(マータ)沙漠的旅途。同一时期，在幻燐战争中获胜并将雷斯佩伦特地方收入囊中的门菲尔(メンフィル)国王李维·玛修伦(リウイ・マーシルン)，在战斗中失去妻子伊莉娜·玛修伦(イリーナ・マーシルン)的心灵创伤尚未痊愈，每天忙于战后雷斯佩伦特地方复兴等政务。
此时，由光之阵营的西方诸国及神殿的使者、玛兹忒利亚(マーズテリア)的圣女露娜=克莉亚(ルナ=クリア)率领的访问团到来了。此外，由于解放了菲米琳丝(フェミリンス)之力的艾库莉亚战败，封印解除并复活的被称为深凌之楔魔的魔神们也开始暗中活跃。震撼从北方诸国雷斯佩伦特地方到中原诸国阿瓦塔(アヴァタール)地方的广阔地域，一场漫长的动乱即将发生。
游戏内的时间是从幻燐战争结束后塞利卡与艾库莉亚相遇的时期开始，到塞利卡与雪莉(シェリ)一同启程的《战女神I》时期为止，约140年间的故事。
