平凡的高中二年级生主人公，从修学旅行目的地的京都穿越时空到了平安时代，代替武蔵坊弁慶，与其实是女孩子的源義経一同奋战度过了源平合战。
在壇ノ浦之战结束后回到了原本时代的主人公，因为无法忘记同伴们而度日。在看不下去他这样的朋友们的邀请下，主人公再次造访了京都，却在下榻的酒店里又一次被传送到了800年前。
虽然实现了与義経等人的重逢，但主人公却因时间移动的冲击而失去了记忆。照这样下去，義経就会如史实一般命丧奥州……
从浴桶里探出头，眼前竟是个陌生的少女。发出尖叫的少女・九羅香。在还没搞清状况的情况下主人公逃了出去，但九羅香拿着刀追了过来。好不容易甩开她，主人公死里逃生，这次却又出现了两个强壮的男人，企图用蛮力把主人公带走。
拯救陷入绝境的主人公的，是九羅香和一名山伏。山伏的名字竟然是武蔵坊弁慶。就是那位著名的義経的侧近之一。这时，主人公才意识到自己回溯了历史，穿越时空来到了平安末期。然而弁慶在战斗中为了保护主人公而身负濒死重伤，向主人公托付了希望他继承自己的名字守护九羅香后便丧命了。
在机缘巧合下自称武蔵坊弁慶的主人公，与九羅香及其同伴们一同被卷入流转的命运中，任其摆布。不久后，他得知了自己来到这个时代的理由以及应尽的职责，但是……
