《少年的终结》是一部青少年科幻恐怖冒险游戏，在这个世界中，世界由机械霸主“R. Karellen”统治。每个人生活的方方面面都被评定为“人类分数”，R. Karellen决定了一切，从学业和职业生涯、恋爱对象，到日常的三餐。
主人公Giovanni在全人类中拥有最低的人类分数。每天，他在包括餐饮和课程在内的所有事情上都受到“特殊对待”。除此之外，他还在School里遭到同学们无情的欺凌，无论是在现实中还是在网络上。
但有一天，学校里的一切和所有人都开始攻击Giovanni，试图“重塑”他，通过让他变得“更像人类”来提高他的人类分数。一位高年级学生，著名的古怪天才Campanella向Giovanni伸出了援手，他们跳上（并接管了）银河铁道上的一辆无人驾驶列车。就这样，Giovanni被卷入了一场寻找位于宇宙最边缘的“Crimson Southern Cross”的旅程。
在他们的旅程中，男孩们将遇见过去的伟大领袖，并对他们所有人进行鲁莽且具破坏性的“恶作剧”。通过他们与历史、扭曲的谜团以及世界上各种恐怖事物的相遇，他们最终将不得不面对自己童年的终结。
哦，你听到了吗？男孩们正在（毫无意义地）拉响列车汽笛。看来银河特快列车该出发了。