1999年，人类发现了一项外星技术，使他们能够建造强大的机甲和超光速飞船。十年后，Zentradi——一支服务于古老Protoculture的代理战士种族——在追击敌人时遭遇了人类。在无情的Britai Kridanki的率领下，Zentradi军队发起了一场宇宙战争，试图夺取人类的核技术。
超时空要塞 记得我改编自动画系列Macross。这是一款回合制策略游戏，玩家控制一支由太空载具和机甲组成的军队，这些载具和机甲由驾驶巨型星际飞船SDF-1 Macross的人类操作。游戏以线性方式发展，在任务之间和任务期间会出现以动画主要角色为特色的过场动画。在每次任务前，玩家必须为Macross配备机甲、飞船和武器。之后，玩家将战斗人员部署在战场上。然后玩家在屏幕上操控飞船和机甲，与敌方战机交战。战斗序列自动进行，并以动画序列的形式显示。