俺と彼女がミステリーな件について

主人公步能看到别人看不见的东西，能听到别人听不到的声音，拥有所谓的“灵感”。
小时候这能力多少让他有些烦恼，但如今已经长大的他并不在意，而是将其作为自己个性的一部分接受了。

父亲决定长期去海外出差，父母理所当然地认为步也会跟着去，便早早地把房子卖了。
但是，步表示“日本好，我想留在日本”，固执地拒绝了跟随父母一起走。
起初父母不同意把步一个人留下，但后来表示如果他在父亲老家亲戚经营的公寓里生活的话，就予以许可。
于是，步在小时候住过的父亲老家，开始了独居生活。

步与青梅竹马的堂妹桃花重逢后，转入了新的学园，并加入了桃花创立的社团“神秘研究部”。
社团里聚集了一群个性鲜明的成员，包括喜欢一切神秘事物的桃花、爱好黑魔术的羽鸟爱丽丝(羽鳥アリス)学姐、沉迷于UFO的学妹京，以及崇拜神社神明的同级生菖蒲。
或许是因为她们的个性，她们在周围人中显得格格不入，一直没能很好地融入，但和她们在一起却感到非常快乐和温暖——

不知不觉间，步意识到这个社团对自己来说已经成了无可替代的存在。