在第57次墙外调查前夕，正在进行小规模墙外调查活动的某一天。包含主人公（玩家）在内的十几名调查兵团团员，根据团长的指示，将对“古城”周边进行搜索。在未被告知搜索目的等情况下，出身于该地区的主人公引导部队，在浓雾中前进。
然而，当穿过最后的森林、古城近在眼前时，仿佛在等待着一行人一般，数体巨人现身了。在巨人突袭造成的混乱中，地面崩塌，调查兵团的成员们坠落到了古城的地下。
在地下最下层醒来的主人公，由于立体机动装置故障，无法就这样以地面为目标前进。主人公将与唯一汇合的“搭档”齐心协力探索谜之地下设施，以逃出死地为目标。