为了治愈因战争而荒废的人心，日本将宗教义务教育化。
此后数十年，日本成为了入信率99%的宗教大国，诞生了众多宗教，其中为了获取信徒而进行违法行为的团体，以及被犯罪组织当作隐身衣利用的宗教也应运而生，成为了社会问题。
日本国政府将事态视为严重问题，决定为所有宗教供奉的神明排定序列，选出神明中的神明“神王”，并在其麾下统一所有宗教——。
主人公“真舟伊月（まふね いつき）”是一名能够使用治愈他人伤痛的神奇力量——神通力的青年。
在过去曾被他救下的青梅竹马“冰野水乃（ひの みずの）”强行监禁，或者说说服下，他被包装成了以满是巫女的女学园为本山的巫女之杜的“巫女神”，并参加了选出神王的战斗——神王祭祀。
伊月使用基于神通力的召唤术唤出守巫女，与其他宗教的神明们战斗。
然而那种神通力一旦使用，就会产生异常性兴奋的副作用，是一种有缺陷的神通力。
为了让巫女之杜在序列中名列前茅，守巫女们决定献出自己的身体，以平息伊月的性兴奋。
●【冰野 水乃（ひの みずの）】 CV:青叶苹果
主人公真舟伊月的青梅竹马。
因为小时候事故受的伤被治好，从而得知了伊月的神通力，是甚至让他女装并把他包装成巫女神的罪魁祸首。
性格过激，总是先动手再动口，但在学园里却凭借惊人的装乖技巧和不懈的日常努力，就任了巫女们憧憬的守巫女一职。
她很在意自己个子矮小和平胸，据说指出这件事后还能站立5秒的人一个都没有。
水乃既有名誉也有资产，但不知为何，对守巫女的地位和巫女之杜的序列表现出了近乎异常的执着。
●【炎道 红叶（えんどう もみじ）】 CV:高槻翼
侍奉巫女神的守巫女之一，名门炎道财阀的继承人女儿。
从出生到成长都是如假包换的真正的大小姐。
因为气性高且说话严厉，很容易树敌，但其实性格比任何人都温柔，非常珍惜学园的学生们。
她对不辱炎道家族之名的守巫女这一重任感到自豪与荣耀。
因为从小就被养得有些闭门不出，所以深深沉迷于难以启齿的御宅族爱好，使用图书室的联网电脑进行爱好活动成了她唯一的放松时间。
●【风间 奈津（かざま なつ）】 CV:川岛梨乃
侍奉巫女神的守巫女之一，红叶的青梅竹马，是个仆娘。
开朗活泼且无忧无虑的性格让她能和任何人立刻亲近起来。
无论何时都充满活力，能让周围气氛变得明朗，是守巫女中的气氛制造者。
运动能力高超，体育全能，以体育特招生名额进入了巫女之杜。
然而别看她这样，性方面的好奇心非常旺盛。
是个会偷偷买色情类杂志来丰富妄想的非常色色的女孩子。
对突然出现的异性伊月抱有非同寻常的兴趣。
●【内宫司 宁（ないぐうじ ねい）】 CV:榎津真央
统领巫女之杜的宗教与学园的年龄不详的理事。
出生在宗教界赫赫有名的内宫司家，传闻能够使用阴阳之术。
因为过于奔放的性格，被内宫司本家宣告断绝关系。
●【内宫司 春（ないぐうじ はる）】 CV:仓田真理亚
就读于巫女之杜学园的宁的“儿子”。
因为拥有神通力，作为在没有出现像伊月这样强大的使用者时的备用，伪装性别进入了巫女之杜，但据本人所说内心是个女孩子。
会照顾身为男性的伊月的日常生活。
●【神保 真琴（じんぼ まこと）】 CV:秋野花
属于巫女之杜学园新闻部的麻烦制造者。
将收集女子校特有的传闻和八卦并有趣地传播出去当作生存的意义。
对巫女神也充满兴趣。
●【新谷 千鹤（しんたに ちづる）】 CV:柚木沙知
真琴的青梅竹马，总是被她拉着跑，也被强行拉去新闻部。
是个容易内向怕生的女孩子，对巫女神和奈津抱有憧憬。
●【四条 绫音（しじょう あやね）】 CV:香澄绫
四条财阀的千金，是财界、资产家女孩团体的领袖人物。
对守巫女们露出明显的敌意，图谋着能否把巫女神拉拢到自己这边。
●【馆巳 八房（たてみ やつふさ）】 CV:越雪光
管辖全日本宗教与灵山的神祇省的精英官僚。
野心勃勃，判断对自己有利而支持巫女之杜。
●【真舟 伊月（まふね いつき）】
主人公。
端正的五官、纤细的体型、长及腰间的头发等，乍一看经常被误认为是女性。
虽然拥有真正的神通力，但作为副作用会产生异常性兴奋，是有缺陷的神通力。
母亲禁止他使用，但小时候曾用神通力治好过水乃的重伤。
