平凡的高中2年级主人公在修学旅行中造访了京都。某天夜里，他在与同室朋友的游戏中输了，作为惩罚游戏，不得不去偷看女生洗澡。他闭上眼睛假装偷看，想以此蒙混过关，却在被负责监视的老师发现的瞬间，从攀爬着的隔断上不慎掉落到了女澡堂里，就在那一瞬间，他被耀眼的光芒所包围。
从浴池中探出头，眼前是一名陌生的少女。发出尖叫的少女・九羅香。主人公在还没搞清状况的情况下逃了出去，但九羅香拿着刀追了上来。好不容易甩掉她，死里逃生的主人公，这次又出现了两个强壮的男人，企图用蛮力把主人公带走。拯救陷入绝境的主人公的，是九羅香和一名山伏。山伏的名字竟然是武蔵坊弁慶。是那位著名的義経的侧近之一。这时，主人公才意识到自己回溯了历史，时间跳跃到了平安末期。然而弁慶在战斗中为了保护主人公而受了濒死的重伤，他向主人公托付，希望主人公能继承自己的名字，保护九羅香，随后便殒命了。
顺理成章自称武蔵坊弁慶的主人公，与九羅香及其同伴们一起被卷入流转的命运中，被玩弄于股掌之间。不久后，他得知了自己来到这个时代的理由以及应该完成的使命，但是……
