21世纪的东京。现在的互联网取得了进一步的进化，创造出了巨大的虚拟空间“赛博大陆”。赛博大陆根据其信息的重要程度，被划分为Lv1到Lv8的八个阶层，据说越深的阶层存放着越重要的、国家机密级别的信息。一般人拥有的系统是无法访问这个深部的。
主人公水无月 爱丽丝(水無月 ありす)是就读于私立密斯卡托尼克学园的普通中学生。但是，她还有另一副面孔，那就是使用赛博大陆开发者父亲留下的名为露西亚(ルシア)的究极潜行系统，潜入赛博大陆的深部，守护其秩序的正义潜行者。她与朋友凤 丽奈和八神 树莉一起自称ALICE-3，试图保护人们免受那些为了私欲而利用赛博大陆之人的毒手。从寻找模拟宠物开始的她们的冒险，不知不觉间被引向了卷入全世界的大混乱的核心……
陪着放学后想去宠物店的树莉，在涩谷的街头四处走动。得知如果找到走失的宠物就能获得赏金[5]。