与一般的萤火虫不同，7月中旬才迎来盛期的珍稀萤火虫“夏萤”栖息的狭土岛的乡下小镇。
主人公一弥幼时因病失去双亲，与唯一的血亲妹妹水夏一起，被父亲经营神社的熟人仓本家收养，过着宛如家人般的寄居生活。
然而出于寂寞，一弥有时会在他最喜欢的地方——森林里的池塘哭泣。
紧紧握着母亲的遗物，据说能实现愿望的“萤之泪”。
某天夜里，一弥在森林里救下了一只被蜘蛛网缠住的萤火虫。
第二天，当他独自在森林里哭泣时，突然出现的少女向他搭话，两人一起眺望萤火虫度过了时光。
约定了下次再一起玩后，在连续几天一起玩耍的过程中，一弥恢复了精神，也渐渐被总是笑着陪他玩的少女片濑所吸引。
像往常一样，一弥邀请她“明天也一起玩吧”时，不知为何女孩露出阴郁的表情说不能玩了。
尽管如此，一弥单方面定下约定，在约定的那天，为了把“萤之泪”送给她而在池塘等了一整天，但她最终也没有出现。
时光流逝，一弥也完全习惯了收养他的神社里的生活。
今年也迎来了对这个岛屿来说很特别，但其实和平时毫无变化的“夏萤”季节。
迎来学园二年级初夏的时期，一个女孩突然转学来到了一弥的班级。
光是季节外的转学生就已经很罕见了，加上她还是个超级美少女，在狂热的一部分男生的煽动下，整个学园闹翻了天。
在那片喧闹中，看到女孩的一弥大吃一惊。
她正是当年一弥在萤火虫池塘相遇，却未能履行约定便分别的片濑观琴(片瀬観琴)……
