承接Persona 4 Arena的结局，Midnight Channel重新开播，并再次播出了另一场名为P-1 Climax的格斗锦标赛的奇怪广告，画面中显示了Investigation Team和Shadow Operatives的成员正在战斗。就在此后不久，Inaba遭遇停电，并被一股奇异的红色浓雾所吞没。此外，电视上还显示出疑似Mitsuru Kirijo、Aigis和Akihiko Sanada被钉在十字架上的身影。在Investigation Team试图弄清状况时，伊織 順平和久慈川理世被困在了红色浓雾中，而Labrys、天田 乾、Koromaru和Yukari Takeba则乘坐直升机目睹浓雾吞没Inaba。
随着可玩角色数量增加至21名，故事分为两条战役线：“Episode P4”聚焦于Persona 4的角色，而“Episode P3”则跟随Persona 3的角色。完成两条战役即可解锁作为“Episode P4”一部分的游戏真结局。