作为《Persona 3》和《Persona 4》的格斗游戏衍生作，故事设定在《Persona 4》之后，登场角色来自这两部游戏。
故事开始于《Persona 4》事件发生2个月后，以及《Persona 3 FES' The Answer》大约2年后。在黄金周开始之际，Narukami Yui回到了Yasoinaba，与Dojima、Nanako以及他的朋友们重聚。但很快Chie听到传言说Midnight Channel又开始播出了，并告诉了Yosuke和Yukiko。他们三人以及Yu（巧合地）看到了它。与此同时，Rise、Kanji和Teddie失踪了，而Naoto正忙于一项任务。第二天，他们前往TV world，发现自己被困在一场于他们高中举办的锦标赛中，必须互相战斗才能晋级，但在锦标赛期间，他们看到了一个自称是他们学生会会长的神秘女孩，以及三个他们从未见过的Persona-users。