无人岛物语３ Ａ．Ｄ．１９９９ ＴＯＫＹＯ在概念上与本系列的前两部作品相似，是一款“生存生活”模拟游戏。然而，它的背景设定截然不同：主角并非被困在热带无人岛上，而是在乘坐地铁时遭遇了一场可怕的地震。爬出地下隧道后，主角惊恐地发现东京几乎已被摧毁并沦为废墟。主角与其他幸存者结伴，必须探索废墟并努力活下去。
基本玩法与前两部作品相似：玩家管理幸存者队伍，为他们分配活动（探索、休息、寻找物品等），然后结束当天并观看这些事件自动展开。可以发现并收集水、食物、光源和各种材料。也可以制作自己的物品。脚本事件会将新角色引入队伍。也可能发生敌对遭遇战；玩家可以选择战斗、撤退或应对潜在的敌人。战斗期间无法对角色进行主动控制。