九月中旬，城郊矮山上的Horiverti别墅，毫无征兆地热闹起来。
避世隐居的郝氏姐妹，从漆黑的小巷里救回一对少年少女。少年名叫周御城，只记得前一天晚上曾被黑色的影子袭击。而和他一道被救的“前”女友夏雪源，只想赶他离开这里。
突然，一个陌生的女人破窗入室，她不由分说抛出难以名状的光弹，众人被不明不白地逼入绝境。好在一位自称“安妮”的大姐姐及时解了众人之围。
安妮怂恿众人潜进“enja防卫科学研究院”寻找事情的原委。一头雾水的周御城对此全无兴致，但安妮在他身上发现了跟踪器……周御城这才发现，自己早已深陷其中。
他们在被称作“enja防卫科学研究院”大楼的地下机房，发现了更加可怕的事实……
黑影、信号发射器、神秘的女人、可怖的隧道、亡父、监视、刺客、闹鬼的废墟、空间封锁、高轨道环状空间站、Creators、真言、外界权力、宗教战争，还有只存在于安妮话中的组织，这些看似无关的事物究竟有何联系？在一切起始的过去，发生了什么？而当这一切汇集，又将为世界创造何种未来？