曾经在这片土地上，有着“神”与“人”，以及从异界而来的邪恶之神“魔神”相互交织的时代。
世界在漫长的战争之后，凭借始祖炼金术师齐格德拉多(ジーグドラド)所研发的封印术讨伐了魔物，甚至将魔神也葬送到了异界的彼方。
罗姆雷亚王国初代女王维多利亚(ヴィトーリア)，实现了由人之手统一大陆的伟业，将世界重新夺回了人类的手中。
此后经过了500年的岁月——
舞台是罗姆雷亚王国的王立图书馆。
被认为已经葬送至异界的魔神……还活着！
以不完全状态被封印在现世的魔神复活了。
由优秀的图书管理员弗里德·艾因哈特(フリード・アインハルト)率领的罗姆雷亚王立图书馆讨伐队结成，这次终于着手将魔神完全封印。
王立图书馆的最深处——
通往异界的大门开启，在异界化不断推进的神秘地下城中，弗里德与魔神的最终决战终于开始了。
然而！！在强敌“魔神”面前，弗里德等人战败了——。
“罗姆雷亚王国，堕入了黑暗”