世界线1,048596，这是冈部伦太郎在经历了那个夏天的事后到达的斯坦因之门的世界线。那件惨剧，第三次世界大战都不会发生的未知的世界线。谁都无法预料明天会发生什么。
但是突然间冈部感到了一阵头晕，没错，这是世界线在发生移动，究竟发生了什么？这时仿佛计算好了的一样冈部的手机收到了新的短信，有不好的预感。打开邮件一看，果不其然，这是从2025年的未来的冈部处发来的短信。
原来，世界线偏移了0.000132%。原因是幻之PC“IBN5100”被疾风迅雷的名为奈特哈特(ナイトハルト)的人物拿走了，并将世界上的所有基础产业全部变成了“萌产业”，因此15年后的世界发生了全球性的恐慌，所有的国家和宗教都在“萌”的面前败下阵来。这已经是超越了暗黑世界，超越了第三次世界大战的悲剧，简直就是“混沌”。
未来的冈部表示需要夺回IBN5100。那么，究竟实验室的成员们能否成功夺回幻之PC，将斯坦因之门世界线恢复原状呢……