2013年。实力雄厚的企业决定在位于日本东北某处、自远古留存下来的一块土地上建造一座新城市。这座城市借助最现代化的工业建造而成，基于一套能够创造最先进都市生活形态的运作系统——即所谓的“智能城市”。但事情出了差错。似乎有一种病毒能在人体内产生火焰物质。这种疾病很快便以“人体自燃”之名广为人知。新建成的Izanami City中，有一个街区显得尤为可疑。高中生兼见习侦探的蘭堂 研人接到任务，负责调查这起神秘案件。Seigai High School将成为调查的主要区域。毋庸置疑，为了侦破案件，蘭堂 研人必须找到最佳策略，与美丽的高中女生们交谈……
火焔圣母 ～The Virgin on Megiddo～是一款日式冒险游戏，主要依赖于对话以及你在对话中做出的选择。然而，游戏也包含了西式冒险的元素。有些物品必须被找到、拾取并在适当的时机使用。有些区域你可以通过类似3D的环境移动，以第一人称视角进行观察。在对话期间，你还可以通过菜单使用各种指令。游戏中还存在有时间限制的片段。