某天，你来到了位于新宿的Kurenai Academy。你是一个极其普通的学生，你的一位新同学正注视着你——支我 正宗(Shiga Masamune)。
班长深舟小百合(Mifune Sayuri)带你参观了学校，在此期间你发现了一个似乎穿着夏装的幽灵。你调查了那个区域，突然遇到了一个一直在这所学园作祟的恶灵。
那个幽灵穿着一件红色外套，并迅速发起了攻击！你被你的同学正宗和一位神秘的女性救下……
你与正宗和那位女性联手，驱除了那个杀气腾腾的红衣恶灵。战斗结束后，那位女性告诉了你她的真实身份。她解释说，她经营着一家公司，专门接受市民的委托来消灭像这样的幽灵。她的名字是伏頼 千鶴(Chizuru Fukurai)，她邀请你加入她的公司——Gate Keepers。你决定接受她的邀请。
这就是你作为Gate Keepers一员的新生活的开始。这也标志着与潜伏在东京黑暗中的恶灵展开生死搏斗的开始……