在收到昔日同班同学要求他前来的令人不安的信件后，高中生侦探金田一一(Kindaichi Hajime)前往 Twilight Island，调查信件背后的苦楚。
与此同时，仿佛命运的安排，江户川柯南(Edogawa Conan)从阿笠博士(Agasa Hiroshi)那里听说了一个现代民间传说：在南方一座作为顶级旅游胜地的岛屿上，居民们会神秘地失踪很长一段时间，然后突然毫无解释地返回。更有甚者：当他们失踪时，他们会被传送到同一座岛屿的另一个版本。出于好奇，柯南同意调查此案，而他的同伴们则前往名为 Twilight Island 的旅游胜地度假。
随着谜团加深，两人的案件显然比最初看起来有着更深的关联，一桩宏大的案件就此展开，需要两位年轻侦探无与伦比的推理能力。
