Ragna 和其他人身处被称为“Ikaruga”的 Union of Hierarchical Cities 中。他们出于各自的理由，反抗着统治者“Imperator”。
作为对这一后果的回应，全世界的人类都被分解成了“Seithr”。与此同时，Ragna 体内的力量被 Imperator 强行激发至失控。
此后，Imperator 消失在了某处，留下了被称为“Embryo”的巨大黑色球体。而 Ragna 在变为其内在存在的“Black Beast”后，也下落不明。
然而……Ragna 依然活着。当他在第13阶层都市“Kagutsuchi”恢复意识时，Black Beast 的力量已经平息。此外，尽管他依然是他自己，却失去了所有的记忆。
“现在是反抗终结的时候了。”
游戏中最引人注目的更新是，街机模式现在有三个 Act，而不再仅仅是进行8场战斗。第一个 Act 名为“Phantom of Labyrinth”，第二个为“Nightmare Memory”，而最后的第三个被称为“The Replacement Blue”。
