多亏了连年战乱的时代，伊賀与甲賀各自实现了势力的扩张。
两支忍军由于那段漫长的交战历史，彼此之间怀着互相憎恶的敌对关系。然而，在天正九年，由于Oda Nobunaga引发的天正伊賀之乱，伊賀势力走向了覆灭。少数幸存下来的伊賀成员被甲賀势力收留。
十七年后，戦国时代结束，持久的和平降临世间。
梦想着履行忍者职责的甲賀势力首领上野 勘道(Ueno Kandou)之女Ueno Enju（主人公），每天都在进行着训练。
在终于被选中去执行她的第一次任务后，一起重大事件发生了。这不仅改变了Enju的命运，也改变了村子的命运……