Let’s裸GO！ ぼくラの自由研究

夏休みの初め、山川コウダイと同じ班の女子3人たちが学園に集まり、グループ自由研究の課題を決める話し合いをしていた。
コウダイにはある提案があったのだが、誰からも相手にされない。
そんなコウダイを差し置いて女子のひとり香白茉莉花が、まだクラスの誰も経験していないSEXを課題にしそれを実践して発表しようと提案する。
女子たちはドキドキするものの、コウダイはまったく興味を示さない。
そこで彼は持参した古びた巻物を見せる。

自宅で偶然巻物を見つけたコウダイは、それがかつて祖父から聞いた “すっぽんぽんの神様” の言い伝えにまつわる物だと言う。
そして町に散らばっているという神様の御魂（みたま）なるものをすべて集めれば、“何でも願いが叶う”。
SEX以上の荒唐無稽なこの案に一同呆れかけるが、なぜか茉莉花がこれに興味を示し、ついに御魂探しを決行することになる。
早速始めようとする女子たちを前に、コウダイは御魂を集めるためのある条件を話す……。
「すっぽんぽんの神様にはすっぽんぽんで接する。そうじゃないと願い事は叶えてもらえない」

……かくして、4人は御魂のある場所を示すという巻物を片手に、“全裸” で市内の各所へ赴いていく。
真夏の炎天下で何もかも丸出しにした無着衣の少年少女たちが、西へ東へ足を運び、街中を駆けまわる。
だけど、裸でそんなことをして、何かが起きたりしないだろうか？　女子たちはもうSEXに興味をもってるみたいだし、コウダイも……!?
少年少女たちに担任の先生や家族も巻きこんでの、真夏の大（？）冒険が幕を開ける。