本作的故事发生在BlazBlue: Continuum Shift的事件之后。故事模式包含三个剧本：Chronophantasma、Sector Seven和Six Heroes。
公元2200年1月
循环终结至今已过去一周有余。
摧毁了Cauldrons之后，Ragna完成了他的使命。
然而……
他还有未竟之事。
那就是击败他如今复活的宿敌，Terumi。
Terumi绑架了Successor of the Azure，诺爱尔·梵米利欧(Noel)，并迫使Master Unit, Amaterasu现身于人界。
仇恨与复仇唤醒了Sword of the Godslayer, Kusanagi (Mu -No.12-)。
Ragna牺牲自己的血肉来拯救诺爱尔·梵米利欧，但这也在Terumi的预料之中。
在短暂的空隙中，Terumi使Takamagahara无效化。
这都是他们——
NOL的最高指挥领袖，Imperator的意志的一部分。
后来，九重(Kokonoe)恢复了Ragna的血肉……
……而他踏上了前往Federation's Hierarchical City: Ikaruga的旅程。
他并不知道，自己将在目的地遭遇时间的幻影，Chronophantasma。