日本，2020年。
主人公藤枝涅莉(Fujieda Neri)住在环绕东京湾的“Ring Area”内的贫民区。她过着简朴却平静的生活。然而有一天，她唯一的家人——父亲，突然失踪了。
“去階級学園吧。”
——这是他留下的那封神秘信件上写着的全部内容。
私立階級学園……一所名门寄宿学校，就读于此的是特权家庭的子女，其建校宗旨是给予他们良好的教育，从而赋予他们支撑未来日本的能力。
遵循父亲留下的信件，藤枝涅莉转入了階級学園，一所名流云集的学校。这里极度奢华，然而，由于建立在社会种姓制度之上，这所学园被“社会阶级歧视”所支配。
处于社会阶级最顶层的是“女王(The Queen)”，她被赋予了惊人的政治影响力，统治着学生们。仅次于女王、凌驾于其他所有人之上的是属于特权阶级的精英，“The Roses in Full Bloom”。大多数学生所属的平民阶级是“The Nameless Honeybees”。“The Ignored Stones”……尽管同为学生，处于The Ignored Stones中的人却被视为拥有与仆人同等的权利——他们受到压迫和奴役。最后，还有“The Resistance”，这是一个由反对社会阶级制度的学生组成的组织。
在一个比她想象中悬殊得多的社会中，藤枝涅莉找到了“爱”，渐渐地，关于这所学园的某种“真相”浮出水面。这个“真相”究竟是什么？
