游戏剧本由Kamachi撰写，分为四个故事：“魔术（表）”、“魔术（里）”、“科学（表）””和“科学（里）”，每个故事都有不同的主角。
在“魔术（表）”的故事中，Gate of the Gods Descended from Heaven，一个存在被神秘面纱所笼罩的魔法结社。这个故事正是《Toaru Majutsu no Index: Road to Endymion》轻小说中收录的故事。在“魔术（里）”的故事中，金星探测器竞赛是一场在世界各地发射火箭以探测金星的竞赛。一个与该项目相关、名为“金星探测器项目竞赛”的活动正在学园都市的SNS Rondo Net上举办。在这里，当上条 当麻报名参加比赛时，事件便开始了。最后，在“科学（里）”的故事中，学园都市的SNS Rondo Net是一种在学园都市学生中流行起来的SNS，注册用户不仅可以相互交流，还可以获取诸如优惠券等用于购物的东西。该服务的用户数量呈爆炸式增长。佐天 涙子对当前的流行趋势很敏锐，因此她尝试了这项服务。