在地球上，在一般人所不知道的地方，地球人与外星人共存着。
来自各种星球的各种外星人来到地球，享受观光旅游，或者就这样直接移居地球。
虽说如此，并非一切都能顺利进行。
从小小的纠纷，到有时甚至会引发事件。
存在着一个解决此类由外星人引发的问题的组织。
暗中活动的组织，“黑衣人”。通称“MIB”。
某天放学回家的路上。
主人公音无昴正走着，突然差点被UFO绑架。
这一困境被同班同学黑河有佳乃所救，随后他协助击退了UFO。
昴因为目击了UFO的理由差点被消除记忆，但经过一番波折，第二天被带到了她所属的“MIB”总部。
在那里，昴亲眼见到了各种形状奇特的外星人。
在听取了设施的说明后，昴成为了“MIB”的一员。
昴的生活一下子远离了至今为止的日常。
卷入各种“人”的波澜人生就此开始。
