魔法逐渐衰退，正被新近兴起的科学技术所取代的时代。
连接都市的铁路上奔驰着蒸汽机车，煤气灯的光芒正试图从人们的生活中驱散夜晚的黑暗，但即便如此，帝国的边境上依然生息着被称为《魔族》的异种族，与国境警备军不断发生小规模冲突。
主人公是在帝立魔法学院负责教导3名差等生的战伤魔导师。
与他各有因缘的见习魔女女儿们，因为各自的情况封闭了内心，或是无法正常成长，但他必须在1年之内将这些女儿们教育成优秀的魔女，让她们顺利毕业。
通过这一过程，在与见习魔女少女们的心灵交流中，主人公自己心中的创伤也得到治愈的故事，就是「女术士帝国」。
