列强国、国家间战争时代。
在兵器数量、性能、生产技术、国家资源等所有方面均占据优势的敌联合军的猛攻下，被逼入绝境的帝国民族存亡攸关的最终本土决战。少女「赤木百合(赤木ゆり)」通过了帝国军作为最后王牌而部署的「桜花隊」的选拔考试，她发誓要为在这场战争中死去的哥哥报仇而加入帝国军。然而由于严酷的训练和莫须有的传闻，她面临被赶出军队的境地……
就在这时，敌人开始进军，剩下的数名「桜花隊」成员拦截敌方母体失败。在帝都战火中四处逃窜的「百合」被某种意识询问。她在那一瞬间，发动了据说曾经毁灭了旧世界的「神罚之雷」以及古人书中记载的召唤攻击。赤木本人虽然恐惧战栗，但时代却将她卷入那漩涡之中。
数百万具尸体层层叠叠的荒废与杀戮的帝都。去吧，前往苦海……直到少女们流淌的鲜血，让花朵绽放的那一天。
