结束了IZUMO2的冒险，回到了现代的猛等人。
本以为终于能回到和平的生活，结果从根之国再次前来的咲夜(サクヤ)又引发了轩然大波。
而且还有一个名叫琼琼杵(ニニギ)的谜之少年也在一起，据他说，自己是咲夜的未婚夫。
不情愿的咲夜一下子抱住了猛，宣布“这个人就是我心爱的人”，事态陷入了更加混沌的漩涡之中。
此外，在一触即发的猛和琼琼杵之间，留在根之国的刚和卑弥呼(ヒミコ)竟然也出现了……
好不容易收拾了局面，咲夜和琼琼杵暂时寄宿在了猛所住的塔马家。
而且，在猛的祖父六介的安排下，咲夜等人竟然也要编入出云学园！
不久后，新角色们接连登场。还有在现代不断涌现的恶灵与精灵。
就这样，和平的日子草草宣告结束，波澜万丈的学园生活拉开了帷幕。
