距离前作的事件过去4年后，故事从地球的地中海开始。
前作的事件在政府巧妙的媒体操纵下，被报道为事故，外星人（来自哈雷彗星的怪物）入侵的事实被隐瞒了。前作中，装有外星人（哈雷彗星的怪物）的集装箱从彗星号上脱离，被释放到了宇宙空间。那个集装箱坠落到了地球。正在地中海航行的客船卡利斯托号遭遇了该集装箱的坠落，并将集装箱打捞了上来。主人公五色和也与好友佐伯真治为了参加在摩纳哥举办的比格尔3WD比赛而登上了该船。因集装箱坠落的冲击而昏迷，醒来后他来到甲板，发现了死去的船员。主人公们不久后便卷入了围绕外星人的巨大阴谋之中。