七つのふしぎの終わるとき

创立于明治时代，至今仍保留着少人数全寄宿制博雅教育传统的地方，時ノ台学園。
進藤智考入这所升学学校，是个过着极其普通日常的少年。
然而，智有一个秘密。
那就是他拥有从祖母那里继承来的、具有控制时间力量的时钟。
智通过活用时钟，度过了快乐高效的学校生活。
有一次，智查明学园中存在的七不可思议与时钟之间存在着关联。
对应七不可思议的七个时钟——如果能得到时钟，也许就能使用操纵时间的各种力量。
产生兴趣的智，一到放学后，就开始探索被认为是七不可思议诞生之处的旧校舍。
在探索过程中，智遇到了同样拥有时钟的人，以及从几代前的毕业生那里继承了调查七不可思议传统的新聞部等，那些如果只是每天上学就会擦肩而过的少女们。
与朋友们探索的结果，智他们查明了一个七不可思议的真面目。
不是过去，不是现在，也不是未来，时间停止的空间——那里有一位身穿和服的少女一直沉睡着。
少女拥有操纵时间的力量，但因为将自己的力量分割成七份封印在时钟里，从而失去了力量。
少女似乎是因为智的时钟的力量（时间跳跃），从过去在现代醒来，变得无法回到原本的时代了……
得知如果集齐所有时钟，恢复本来的力量，少女就能回到原本的时代，智他们开始挑战七不可思议的谜团。