在前作故事的三年后，新主角、实习教师 Amagi Yuu 突然发现自己面临大学挂科的风险，原因是学校那位冰山女王般的秘书 Mature。幸运的是，他有可以依靠的朋友，比如他的同学 Shizuku 和 Fio，他的妹妹 Hotaru，他的青梅竹马 Kisarah，以及他学校报告的主题——其家族神社的 Kagura，还有他刚遇到的神秘女子 Blue Mary。
7月1日到31日，三十一天……这个夏天会改变他的一生吗？
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