《Magia Mystica》的舞台是现代日本。
然而，与现实世界仅有少许不同的是，这个世界里不为人知地存在着被称为《精灵》的异界之物。
以及召唤《精灵》，并自在地操纵其力量的人们。
主人公真名濑唯，
作为借助召唤来的《精灵》之力施展魔术的“精灵魔术士”，
在被称为对抗《精灵》魔术机关《Ogdoad》的魔术组织中长大。
曾经，唯作为年纪轻轻便拥有强大魔力的魔术士，被寄予了未来的厚望。
但是，4年前——唯遭遇了魔术导师格伦·扎伊采夫(グレン・ザイツェフ)的背叛，
被在体内寄宿了被称为《种子》的神秘咒物。
因此，唯年幼时便停止了成长，
身体被变成了时常渴求魔力的状态，抱有了这个秘密。
某天，为了狩猎出现在日本地方城市设立的全寄宿制男子学校——星辰学院中的《精灵》，
唯接受了组队与同伴共同战斗的任务。
同时，由于《种子》的存在而需要魔力供给的唯的身体，
也被同时命令选择能给予魔力的《契约者》。
隐藏真实身份转入星辰学院的唯所迎来的，
是前所未有的、与同龄少年们的共同生活，以及各种新的相遇。
面对初次经历感到困惑、发生冲突的同时，唯逐渐开始与同伴们心意相通。
在追查出现在学院的《精灵》的过程中，唯察觉到事件背后有一个暗中活跃的影子。
不久，与《精灵》战斗的他们面前出现的人物——格伦·扎伊采夫。
从4年前起便一直追踪其下落的宿敌登场，唯燃起了对进一步战斗的意愿。
唯究竟能否阻止格伦的企图，跨越彼此的纠葛。
能否选择能填补自身的《契约者》，作为魔术士获得巨大的成长。
围绕唯的故事，如今，开始大幅转动——