舞台为前作《遥远时空中》100年后的世界。游戏系统沿袭了第1作。
前作是模仿“摄关政治期”制作的，而本作是模仿“院政期”制作的，八叶也分别分为“院”与“帝”两派势力，在政治上也激烈对立（部分角色偏向院或帝的中立立场）。
与八叶从一开始就齐聚一堂的前作不同，本作中已经存在力量得到认可的龙神神子，因此主人公必须亲自寻找八叶，并证明自己才是龙神神子。受八叶分裂为政权之争中对立的两派的影响，八叶之间的羁绊也很薄弱，获得神子力量的难度也增加了，因此在游戏前期到中期，有时也会遭到八叶的中伤。
主人公会在院与帝其中一方的势力下度过日常，但所属派系由最初遇到的八叶决定。根据所属势力的不同，与角色的恋爱事件也会发生变化。如果是同一势力，彼此熟络得也快，进展也会更甜蜜。另一方面，如果主人公属于与自己相反的势力，对神子立场持怀疑态度的时期就会较长，并夹杂着令人心酸的氛围，这是其特征。
在历代遥远时空中系列中，与包括电影化和TV动画化在内长期发展的1和3相比，本作的衍生作品等媒体展开较少。