那是距今约250年前的事。因为那场可憎的“妖精王之灾”，减少到25亿的人类为了生存而发动了大战，人口进一步减少。旧大国与秘密结社趁机争夺霸权。其中，成功将精神能量兵器化的一团“Ｄ∴Ａ∴Ｗ∴Ｎ∴”本应一跃登上历史的表面舞台。他们在内部抗争后留下了“女皇”并崩溃，世界依然处于混沌之中。但渴望权力的人们知道，失落的古代文明之力才是掌握霸权的方法。
持续流浪旅行的神枪手克莱德·冈·最后弥赛亚(クライド・ゴーン・ラストメサイヤ)。某天克莱德乘马车移动时，在山道上遭遇了暴雨。就算是克莱德在自然灾害面前也无计可施，连人带马车一起被推落了深渊之底。醒来后，那里是一座修道院。右臂和左腿受了重伤，看起来完全无法自如行动。开始了与寡言但有包容力的神父以及5位修女的生活。然后，克莱德不久后将被卷入围绕女皇的争斗之中。
