魔塔大陆3:扣动世界终焉的少女之诗的故事在与Ar Tonelico和Metafalss相同的世界中的另一座塔上展开,这两座塔为前两部作品提供了背景。在第三座塔Sol Cluster上,Reyvateil的统治政权将人类压迫为下层公民。主角是一位名叫Aoto的年轻建筑工人。他一直不喜欢Reyvateil国家Clusternia,当他遇到一位被他们追捕的名为Saki的失忆Reyvateil时,这种反感变成了彻底的敌意。另一位Reyvateil,芬涅尔(Finnel),加入了他们的逃亡,她怀有秘密并出于自己的原因陪伴他们。

