「人类对宇宙的挑战，还是宇宙对人类的挑衅」
2040年，OLD L.A.（旧洛杉矶）。
造访私家侦探乔纳森·英格拉姆（ジョナサン・イングラム）的，是曾经离异的妻子洛雷恩。她的委托是「寻找下落不明的丈夫」。
然而重逢只是短暂的一瞬，她就在乔纳森的眼前被杀害了。
留下的是「纸片的碎片」和「胶囊药剂」，以及神秘的话语「普拉托」。
乔纳森带着仅有的线索，踏上了前往BEYOND（宇宙）的旅程。
《Metal Gear Solid》系列的小岛秀夫导演，以庞大的调查与假设，预见即将到来的未来的科幻冒险游戏金字塔。