故事发生在荒凉的 Metafalss，这是一个建立在塔的边缘的微小大陆，很像第一作中的 Ar tonelico。故事围绕着两个对立的派系展开：统治着的 Grand Bell，最近向女神芙蕾莉娅宣战；以及 Sacred Army，他们相信女神使得 Metafalss 得以存在。这种对女神的愤怒源于几个世纪前创造 Metafalica 的失败，这是一个传说中像天堂一样的土地，但被她的守卫者的恶意攻击所打断。除了内战，Metafalss 还受到 I.P.D 爆发的蹂躏，这是一种 Reyvateil 特有的疾病，会导致受害者不受控制地执行诗魔法，对自己和周围环境造成巨大伤害。
主角克罗亚·巴特尔，Grand Bell 的骑士，经常被派去阻止那些受感染者造成的伤害。正是在执行一次控制此类爆发的任务时，克罗亚和他的养妹 Cocona 陷入了截然不同的境地。圣女 Cloche，在战争中领导 Grand Bell 的 Reyvateil，遭到了 Sacred Army 的攻击。他很快就被委托在他们逃跑时保护她。在试图躲避 Sacred Army 时，他们遇到了琉珈，另一个从小就认识克罗亚的 Reyvateil。
克罗亚很快发现，无论是 Grand Bell 还是 Sacred Army 都不是他们看起来的那样——Cloche 和琉珈也不是。除了彼此之外无法信任任何人（有时甚至彼此也无法信任），他和他的同伴们沿着自己的道路艰难前行，以挫败那些试图操纵他们的人，发现女神芙蕾莉娅的真相，并实现七百年来的 Metafalica 之梦。
就像它的前作一样，Ar tonelico II 具有 Dive System，你可以进入 Reyvateil 的思想，在视觉小说风格的情节中帮助他们解决内心的疑虑，并借此解锁更强大的诗魔法。潜入现在与主线剧情联系更紧密，完成超过一半的 Reyvateil 的 cosmosphere 将需要你“承诺”于她们和她们的结局。
其他新机制包括 Dualstall，Reyvateil 们一起洗澡以增加她们的力量；Bath Talk Topics，发生在 Dualstall 期间，使各个 Reyvateil 更有信心并肩作战；以及 Infelsphere，一个与剧情紧密相连的梦幻领域，女主角们在视觉小说风格的情节中加深彼此的羁绊。