1996年6月6日，俄罗斯Chernoton研发中的一种名为Lucifer-Alpha的化学武器被释放到大气中，导致欧亚大陆和东欧80%的人口死亡，进而导致世界一半人口丧生。受污染区域在十年内变得无法居住，直到Lucifer-Alpha突变为非致命形式。这一悲剧事件后来被称为“大灾难”。
五十年后，一种被称为“掠夺者”的人造生命体或仿生人开始在人工岛Neo Kobe City出现，杀害受害者并取代他们在社会中的位置。没有人确切知道它们是什么或来自哪里。作为为名为J.U.N.K.E.R.的反掠夺者特遣队工作的失忆者Gillian Seed，玩家的目标是追踪掠夺者的来源，并发现Gillian与它们之间的神秘联系。