舞台是前作的两年后……。因美和的事件受到打击而失踪的時人。之后，巴、滋乃和千鹤完全没能掌握他的消息。一边担心着他的安危，各自过着平静的日子。在这样的某一天，收到了在大连的滋乃的哥哥寄来的信，信上说“看到了像是時人的人物”。虽然绝不是确切的信息，但3人为了寻找時人而前往了遥远的土地……。
乘上开往大连的客船的3人，遭遇了带着年幼女孩的可疑团体，但连在意那件事的余裕都没有，因为初次前往大连这片土地的兴奋而心跳加速。
降落在大连这片土地上的巴、千鹤以及滋乃等御神楽探偵事務所的成员，被在大连民政署工作的滋乃的哥哥静斗迎接，接受了街道向导之后，以“看到过時人”的目击地点为重点，开始寻找他的下落。然后去到目击地点之一的《逢坂町教会》时发生了事件。教会的神父・畑中被切断双臂作为尸体被发现了。在有看到过時人身姿的情报的地方发生了事件……時人的下落和事件也许有关系……。
3人，就像曾经作为御神楽探偵事務所的助手进行过无数事件搜查的时候那样，开始着手事件的调查。《逢坂町教会》的搜查告一段落，她们正要回到住宿的酒店时，在巴的面前出现了一位充满谜团的美女。她留下了“神父是该被杀的男人”这句不可解的话语后便离去了。那句话中蕴含的真相究竟……！？