长期萧条下喘息的这座巨大都市的难眠之夜，被新的噩梦所搅扰。从世纪交替之际开始频繁发生的特殊盗窃犯罪——怪盗犯罪。拥有常识无法想象的技术与身体能力的怪盗们，在灰色的天空中肆意跋扈，警察的调查甚至连他们的脚边都够不到。在这些怪盗中，最敏捷、最华丽、最出名，并且最美丽的，就是那位红发的美少女怪盗Bunny the Taker。比其他任何怪盗都更让警察头疼的她的真面目，至今无人知晓——。
时间稍微倒回。父母双亡、在孤儿院生活的少年织部铃之丸，被远亲藤之宫家收养了。得到了曾一度放弃的学园生活和新的家人，获得了久违的安宁，然而这只是短暂的瞬间，他便得知了藤之宫家与独生女兔兔子的秘密，以及自己被收养到这里的原因。第二天，世纪大怪盗Bunny the Taker首次在报纸上引起了轰动——
