在地下城冒险时，不免会遇到战斗场面，这时将以小队为操作单位，游戏设定一支小队有3位队员，最多可以组成6支小队，在地下城移动时，小队最前面的成员速度值将会影响地下城的战斗、武器的射程和攻击力……等，因此了解每位成员的特色，安排移动与打斗顺序，将会成为致胜的关键。
为了维持研究会的运作，“名声”和“资金”也是玩家要注意的地方，若是将到手的宝物交付给正规机关，就可以获得较高的“名声”，卖到黑市的话，则可以获得较多的“资金”，但是名声会相对降低。不过满脑袋只想到钱的会长，除了卖宝物之外，也会命令其他成员在地道打工、贩售商品，或是担任志工等课外活动来获得“资金”与“名声”。
《发明工坊3：苍之巨神》人物设定与前作相同，同样由日本大师级原画师“驹都英二”负责，为了配合剧情与地下城刺激的战斗画面，用色鲜艳大胆，让人一眼就能感受到全新的美少女们活泼与奔放不羁的个性。声优阵容也十分坚强，像是神田朱末、大冢明夫、日高纪子、落合右里香、茅原实里等，都是在多款动漫、游戏大作中担纲重要角色的高知名度声优，也为《发明工坊3：苍之巨神》注入更高期待。
