彷徨う魂に安らぎの刻を

主人公・新堂忍（しんどう しのぶ）是过着普通学园生活的普通学生。但是，他丧失了3年以前的记忆。
他听说原因是3年前发生的事件。自己居住的神社被全部烧毁，父母双亡，自己也受了重伤。但是，尽管引起了这么大的骚动，至今原因仍不明。忍没有那段记忆，甚至无法确信自己是否真的是名为「新堂忍」的人。
失去记忆，失去家人，只剩下丧失感……。支撑着如此不稳定的忍的，是据说从自己小时候就有交流的森崎家的人们和朋友们。
现在，通过与森崎家人们的交流，总算能过上普通的生活了。青梅竹马森崎千里(森崎ちさと)以及作为森崎家顶梁柱的千里的母亲森崎千鹤(ちづる)的支撑，与名为将吾和真理的朋友们的平凡日常，幸福的时间。
但是，忍对身处这个幸福之地的自己感到违和感。
「自己一定有必须要做的事情……」
为了平复焦躁感，他前往曾是自家、现在只剩一个小神社的神社。这是忍思考事情时固定的场所。
在神社院内一边思考一边扫地时，不可思议地心就平静下来。这时出现的一位来访女孩警告说这里很危险后便离开了。正当他想着「到底是什么？」时，不知什么人向忍袭来。那不是人，也不是动物之类。
——是「异形」。
忍作为千里的剑术练习对手，虽然会一点剑术，但不可能用竹扫帚战斗，一下子被逼入绝境。
「已经不行了吗……」
正当他快要绝望的时候，神社院内残存的神木溢出了光芒。
「哎呀，吵得人没法睡觉啊。」
从光芒中出现的，用傲慢语气的女孩自称是供奉在这里的神。